พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เชียงแสน จัดเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติสาขาประจำแหล่งโบราณคดี การจัดแสดงมุ่งเน้นในทางโบราณคดีและประวัติศาสตร์ศิลปะ ที่เกี่ยวข้องกับการตั้งหลักแหล่งของชุมชน ตั้งแต่ระยะแรกเริ่มสมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงสมัยประวัติศาสตร์ การจัดแสดงในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เชียงแสน แบ่งออกเป็น 2 ส่วน ได้แก่ 1.อาคารจัดแสดงหลัก ชั้นล่าง แบ่งออกเป็น 5 หัวเรื่อง ได้แก่ เรื่องภูมิสถานเมืองเชียงแสน เรื่องเชียงแสนสมัยก่อนประวัติศาสตร์ เรื่องลวดลายปูนปั้นจากวัดป่าสัก เรื่องพระพุทธรูปศิลปะล้านนาเมืองเชียง