พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ อินทร์บุรี เดิมเป็นพิพิธภัณฑ์ของวัดโบสถ์ ก่อตั้งโดยอดีตเจ้าอาวาสวัดโบสถ์ "พระเทพสุทธิโมลี" (เจ้าคณะจังหวัดสิงห์บุรี-อุทัยธานี ฝ่ายธรรมยุต) ในขณะที่เป็นพระครูวิสุทธิธรรม ได้รวบรวมจัดเก็บรักษาโบราณวัตถุศิลปวัตถุที่มีคุณค่า ตั้งแต่ พ.ศ.2483 โดยดำเนินงานในรูปของคณะกรรมการมีอดีตเจ้าอาวาสวัดฌบสถ์เป็นประธานบริหารงาน ใน พ.ศ.2496 พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ได้รับการจัดตั้งเป็นสาขาพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ประจำอำเภออินทร์บุรี ต่อมา พ.ศ.2504 คณะกรรมการพิพิธภัณฑสถาน ได้พิจารณาเห็นว่า อาคารไม้หลังเก