Zone A โถงต้อนรับและประชาสัมพันธ์ ประกอบด้วยวีดีทัศน์แนะนำความเป็นมาของพิพิธภัณฑ์ฯ ผังนิทรรศการภายในถาวร Zone B นิทรรศการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชฯ (อพ.สธ.)โดยจะนำเสนอภาพพระราช กรณียกิจ แสดงเนื้อหาที่มา เป้าหมาย วัตถุประสงค์ ผังองค์กรกรอบการดำเนินงาน และกิจกรรมของ อพ.สธ. Zone C นิทรรศการผลงานการสนองพระราชดำริ อพ.สธ. ของมหาวิทยาลัยขอนแก่นซึ่งจัดแสดงงานวิจัยของมหาวิทยาลัยขอนแก่นที่ดำเนินงานวิจัยภายใต้ชุดโครงการ อพ.สธ.-มข. และเป็นผลงานวิจัยการค้นพบชนิดพันธุ์ใหม่ ของพืช สัตว์ จุลินทรีย์ การวิจัยความหลากหลายของทรัพยากร และการนำไปใช้ประโยชน์ที่สำคัญ ในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืชในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ พร้อมทั้งจำลองพื้นที่ดำเนินการศึกษาวิจัยของมหาวิทยาลัยขอนแก่น Zone D นิทรรศการการกำเนิด สุริยจักรวาลนำเสนอเรื่องราวการกำเนิดจักรวาล ระบบสุริยะ และการกำเนิดของโลก ซึ่งเป็นจุดกำเนิดของสิ่งมีชีวิตทุกอย่าง ไม่ว่าจะเป็นพืชหรือสัตว์ ในรูปแบบของการฉายภาพยนตร์ให้ความรู้ เรื่อง การกำเนิดเอกภพโลกและแผ่นดินอีสาน Zone E นิทรรศการวิวัฒนาการของภาคอีสานเริ่มตั้งแต่การเปลี่ยนแปลงของเปลือกโลก การยกตัวของพื้นดินขึ้นจากทะเล การเกิดภูเขาเพชรบูรณ์ ดงพญาเย็น และพนมดงรัก การเป็นถิ่นที่อยู่อาศัย (Habitat) ของไดโนเสาร์ ประวัติศาสตร์สำคัญในยุคต่างๆ ของภูมิภาคอีสาน นำเสนอการใช้ทรัพยากร พร้อมแบบจำลองแสดงการทำเหมืองเกลือหิน และการขุดเจาะก๊าซธรรมชาติ ในภาคอีสาน และการจัดแสดงหินมีค่า สินแร่ ที่สำคัญในภาคอีสาน Zone F โซนนิทรรศการสรรพสิ่งล้วนพันเกี่ยวนำเสนอโครงสร้างของระบบนิเวศและสังคมป่าแบบต่างๆ ที่พบในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ โดยเรียงลำดับตามระดับความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง เริ่มจาก (1) ป่าบุ่งป่าทาม (2) ที่ราบ เช่น ทุ่งกุลาร้องไห้ (3) ป่าเต็งรัง (4) ป่าเบญจพรรณ (5) ป่าดิบแล้ง และ (6) ป่าสนเขา โดยอธิบายองค์ประกอบ โครงสร้าง พรรณไม้เด่น และสัตว์ป่าที่พบมากในป่าแต่ละประเภท