แหล่งโบราณคดีหนองราชวัตรถูกค้นพบโดยนายวิมล อุบล เจ้าของที่ดิน จากการขุดปรับหน้าดินเพื่อทำการเกษตรกรรม เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ.2546 และได้แจ้งให้องค์การบริหารส่วนตำบลหนองราชวัตรทราบ องค์การบริหารส่วนตำบลหนองราชวัตรได้แจ้งให้สำนักงานศิลปากรที่ 2 สุพรรณบุรี ตรวจสอบและดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้อง ต่อมาจึงได้จัดตั้งเป็น "แหล่งโบราณคดีหนองราชวัตร" โดยมีการจัดแสดงวัตถุที่ขุดค้นพบจากแหล่งโบราณคดีแห่งนี้ อาทิ โครงกระดูกมนุษย์โบราณ ชิ้นส่วนกระดูกสัตว์ ขวานหินกะเทาะ ขวานหินขัด กำไลหิน ชิ้นส่วนภาชนะดินเ