พิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเล (Reference Collection) มีจุดเริ่มต้นจากความร่วมมือระหว่างคณะนักวิทยาศาสตร์เดนมาร์กและคณะนักวิทยาศาสตร์ไทยในการสำรวจร่วมไทย-เดนมาร์ก ครั้งที่ 5 (The Fifth Thai-Danish Expedition) บริเวณชายฝั่งด้านตะวันตกของไทยในมหาสมุทรอินเดีย ในปี พ.ศ. 2509พิพิธภัณฑ์ฯ ได้จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นแหล่งรวบรวมตัวอย่างทางวิชาการของสิ่งมีชีวิตในทะเลของน่านน้ำไทย ตามข้อตกลงความร่วมมือทางวิชาการสาขาชีววิทยาทางทะเลระหว่างรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรไทยและรัฐบาลแห่งราชอาณาจักรเดนมาร์ก เมื่อ พ.ศ. 2511 พร้อมก