พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน เป็นพิพิธภัณฑ์จัดสร้างขึ้นใหม่โดยใช้อาคารสถานีรถไฟธนบุรี (เดิม) นำเสนอเรื่องราวที่ทรงคุณค่ายิ่ง ทั้งทางประวัติศาสตร์ของพื้นที่บริเวณคลองบางกอกน้อยวังหลัง ตั้งแต่สมัยกรุงธนบุรี สืบมาจนถึงปัจจุบัน นอกจากนั้นยังแสดงประวัติของศิริราช ประวัติการแพทย์แผนไทย การสร้างทางรถไฟสายใต้และวิถีชุมชนบางกอกน้อย โดยใช้เทคนิคนำเสนออย่างทันสมัย ห้องศิริราชขัตติยพิมาน : น้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณและพระเมตตาคุณของพระมหากษัตริย์ และพระบรมวงศานุวงศ์ชั้นผู้ใหญ่ที่มีต่อโรงพยาบาลศิริราชและการแพทย์ของประเทศไทยมายาวนาน ห้องสถานพิมุขมงคลเขต : ถ่ายทอดพระราชประวัติกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ผ่านจิตรกรรมไทยแบบประเพณี จัดแสดงหุ่นละครพระราชนิพนธ์เรื่อง 'พระศรีเมือง' และภาพปักตัวละครเอกใน วรรณคดีเรื่อง ไซ่ฮั่น ฐานป้อมพระราชวังหลัง : หลักฐานทางโบราณคดีที่เหลืออยู่ของพระราชวังบวรสถานพิมุข (วังหลัง) อิฐแต่ละก้อนที่เรียงซ้อนกัน สามารถเล่าเรื่องราวของอดีตและสภาพสังคมเมื่อกว่า 200 ปีได้อย่างมากมาย เครื่องถ้วยโบราณ : ชิ้นส่วนเครื่องถ้วยโบราณหลายยุคสมัย ที่ขุดพบระหว่างการก่อสร้างสถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช แสดงให้เห็นถึงความสำคัญของพื้นที่บริเวณปากคลองบางกอกน้อย ห้องโบราณราชศัสตรา : จัดแสดงศาสตราวุธหลากชนิดหลายชาติพันธุ์ ล้วนทรงคุณค่า ที่คณะแพทยศาสตร์ฯ ได้รับมอบจากราชสกุล “เสนีวงศ์” ซึ่งเป็นราชสกุล ที่สืบเชื้อสายจากกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ห้องคมนาคมบรรหาร : ชมภาพยนตร์สี่มิติสุดระทึกใจ เสมือนหนึ่งได้นั่งอยู่ในขบวนรถไฟสายใต้ แล่นผ่านกาลเวลา ย้อนอดีตไปถึงวันเริ่มสร้างสถานี เข้าสู่ช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ต่อเนื่องถึงปัจจุบัน งานพระเมรุสมเด็จเจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ : ภาพประวัติศาสตร์ควรแก่การจดจำ ที่มาแห่งมงคลนาม ไม้ อาคารประกอบ และเครื่องเรือน จากงานพระเมรุครั้งนี้ ได้นำมาสร้าง “โรงศิริราชพยาบาล” โรงพยาบาลหลวงแห่งแรกของแผ่นดิน หุ่นกายวิภาคมนุษย์ : ปฐมบทของสื่อการเรียนกายวิภาคศาสตร์ ในโรงเรียนแพทย์ยุคแรก หุ่นจำลองที่ทำจากเยื่อกระดาษอายุเกือบร้อยปีนี้ เป็นประจักษ์พยานของความก้าวหน้าในวิชาแพทย์สมัยนั้น สมเด็จพระบรมราชชนก : “พระบิดาแห่งการแพทย์แผนปัจจุบันและสาธารณสุขของไทย” ผู้ทรงเป็นแบบอย่างแห่งความเพียร ความอุตสาหะ และการเสียสละโดยเห็นแก่ประโยชน์ของส่วนรวมเป็นสำคัญ จักษุวิทยา : มาสัมผัส