พิพิธภัณฑ์เรือไทย ก่อตั้งโดยอาจารย์ไพฑูรย์ ขาวมาลา เมื่อปี พ.ศ.2537 ด้วยจิตวิญญาณที่ผูกพันกับสายน้ำและเรือมาตั้งแต่วัยเด็ก อีกทั้งยังได้เป็นอาจารย์ผู้สอน วิชาออกแบบ เขียนแบบ และการต่อเรือ มาตลอดชีวิตที่รับราชการ ณ โรงเรียนช่างต่อเรือ (ปัจจุบัน คือ วิทยาลัยเทคโนโลยีและอุตสาหกรรมต่อเรือ) ได้เล็งเห็นว่า ความเจริญก้าวหน้าทางด้านเทคโนโลยีการคมนาคมขนส่งของประเทศ จะทำให้การใช้เรือในอนาคตน่าจะน้อยลง และไม้ที่ใช้เป็นวัสดุหลักในการต่อเรือจะหมดไป อนุชนรุ่นหลังจะไม่รู้จักเรือไทยและเรือพื้นบ้าน อ.ไพฑูรย์ฯ จึ