สถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล มหาวิทยาลัยบูรพา ได้รับการพัฒนามาจาก "พิพิธภัณฑ์สัตว์และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม" ก่อตั้งขึ้นเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ.2512 โดยคณะอาจารย์ภาควิชาชีววิทยา มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน(วิทยาลัยวิชาการศึกษาบางแสนเดิม) และนิสิตอีกจำนวนหนึ่ง โดย ดร.บุญถิ่น อัตถากร อดีตอธิบดีกรมการฝึกหัดครูและอดีตปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เป็นผู้สนับสนุนการดำเนินโครงการ พิพิธภัณฑ์สัตว์และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม ได้รับการพัฒนาขึ้นเป็นลำดับจนไม่สามารถขยายออกไปได้อีก เนื่องจากตัวอาคารมีขนาดจำกัดและไม่ได้ออกแบบไว้สำหรับการนี้โดยตรง เพื่อเป็นการขยายกิจการของพิพิธภัณฑ์สัตว์และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็มให้กว้างขวางยิ่งขึ้นกว่าเดิม มหาวิทยาลัยโดยการนำของ ดร.ทวี หอมชง และคณะ ได้จัดทำโครงการขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลญี่ปุ่น เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ.2523 ซึ่งรัฐบาลญี่ปุ่นได้ให้ความช่วยเหลือแบบให้เปล่าในการจัดตั้งศูนย์วิทยาศาสตร์ทางทะเล โดยเริ่มก่อสร้างในวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2524 ณ บริเวณด้านหน้าของมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน ในเนื้อที่ประมาณ 30 ไร่ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาเสด็จทรงวางศิลาฤกษ์เมื่อวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ.2525 และพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ 9 เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดศูนย์วิทยาศาสตร์ทางทะเล เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ.2527 โดยมีส่วนบริการ 3 ส่วน ได้แก่ 1. สถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม เป็นส่วนที่จัดแสดงเพื่อให้ความรู้เกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตและความเป็นอยู่ของสัตว์ทะเลชนิดต่างๆ ที่อาศัยอยู่ในเขตน่านน้ำของไทย จัดแสดงในตู้โดยมีการจัดสภาพใกล้เคียงธรรมชาติมากที่สุด แต่ละตู้จะมีป้ายเพื่อบ่งบอกชนิดสัตว์ทะเลที่อยู่ในตู้ทั้งชื่อสามัญและชื่อทางวิทยาศาสตร์ แบ่งเป็น 6 หัวข้อใหญ่ ได้แก่ ชีวิตชายฝั่งทะเล สีสันแห่งท้องทะเล ครัวของโลก แปลก... สวยซ่อนพิษ ลานเรียนรู้ชาวเล ยักษ์ใหญ่ใต้สมุทร 2. พิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์ทางทะเล นิทรรศการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ เกี่ยวกับพระราชกรณีกิจทางด้านการฟื้นฟู อนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ และด้านวิทยาศาสตร์การประมง นิทรรศการเรื่องราวของอาณาจักรของสิ่งมีชีวิตในทะเล นิทรรศการเรื่องราวของทะเล และระบบนิเวศในทะเล นิทรรศการเกี่ยวกับความสำคัญของทะเลที่มีต่อมนุษย์ ห้องพิพิธภัณฑ์เปลือกห