พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี เปิดให้บริการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2544 โดยสมเด็จพระพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ เสด็จฯ เป็นองค์ประธานในพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์ นิทรรศการถาวรในพิพิธภัณฑ์ แบ่งออกเป็น 6 ห้อง ดังนี้ ห้องที่ 1 จัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ จำลองเรือสำเภาขนาดเท่าจริง เพื่อแสดงให้เห็นถึงวิถีชีวิตของชาวเรือและสินค้าชนิดต่างๆ ที่ซื้อขายแลกเปลี่ยนกันในสมัยโบราณ นอกจากนี้ยังจัดแสดงโบราณวัตถุต่างๆที่พบจากใต้ทะเล เช่น คันฉ่องสำริด กุญแจจีน เบ็ดตกป