จากจุดเริ่มต้นโครงการโบราณคดีใต้น้ำมีหน้าที่รับผิดชอบในกิจกรรมการศึกษา วิจัยเรื่องการพาณิชยานาวีสมัยโบราณโดยการสำรวจขุดค้นแหล่งโบราณคดีใต้น้ำประเภทซากเรื่อจมโบราณ ซึ่งหลักฐานจมน้ำเช่นนี้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งต่อการศึกษาเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ การคมนาคม การติดต่อค้าขายทางทะเลตลอดจนถึงสินค้า แหล่งผลิตสินค้า เทคโนโลยีการต่อเรื่อ การเดินเรือ การสงคราม และชีวิตความเป็นอยู่ของชาวเรือ และเมื่อท่าต่าง ๆ ในประวัติศาสตร์ทั้งของประเทศและของภูมิภาค หน้าที่ความรับผิดชอบกลุ่มวิชาการโบราณคดีใต้น้ำได้รับ